万方本科查重结果出现异议时，应及时提交异议申请。申请需包括异议原因、证明材料等。万方会对异议进行审核，如确认有误，会重新评估查重结果。若异议成立，会对结果进行修改并告知用户。

处理万方本科查重结果异议时，用户需保持耐心等待处理结果。在等待期间，可与万方客服保持沟通，及时了解处理进展。若异议被驳回，用户可根据情况再次提出异议申请，直至问题得到解决。