在处理论文引用部分在万方查重时，首先需要确保引用格式规范，符合学术规范，避免出现格式错误导致的相似度过高。其次，建议使用万方查重工具进行自查，及时发现和修改引用部分的问题。同时，可以参考相关文献的引用方式，避免雷同引用。最后，定期检查引用部分，确保引文的准确性和完整性，以提高论文的质量和原创性。

处理论文引用部分在万方查重时，需要注意避免直接复制粘贴他人的引文，应该进行适当的改写和概括，确保引文的原创性和学术性。另外，可以利用万方查重工具中的排除引用功能，将引用部分排除在查重范围之外，避免引用部分对整体相似度的影响。同时，可以参考学术期刊对引文格式的要求，规范引文的撰写，确保引文的准确性和规范性。